Universidad Jagellónica se encarga de estudiantes con discapacidades a través de la beca especial. Importe de una subvención mensual depende del grado de discapacidad y puede variar de 150 – 450 PIN. Este tipo de beneficio se concede después de presentar una solicitud por pregrado.
Cada estudiante tiene que proporcionar un título idóneo, que confirma el nivel de discapacidad. Beca especial es otorgado hasta la fecha de validez de dicho certificado.