L'Université franco-allemande offre des allocations destinées à soutenir les thèses de doctorat franco-allemand. La somme allouée aux bénéficiaires s'élèvera à 1500 euros par an, et est destiné à couvrir les frais de déplacement et d'hébergement ainsi que les frais de thèse. La bourse sera accordée pour une durée maximale de 3 ans.
Les candidats doivent être des étudiants diplômés qui cherchent à obtenir un doctorat français-allemand en cotutelle. La sélection sera faite sur la base de la qualité scientifique des candidats, des encadreurs pédagogiques et des sujets de recherche. Les demandes doivent être accompagnées d'un curriculum vitae du candidat (avec copies des certificats académiques), d'un aperçu du projet de recherche proposé, d'une lettre des directeurs de recherche, d'une copie de l'accord de partenariat entre les deux universités et autres réglementations applicables, et d'une description des autres sources de financement disponibles.