L'ENS Lyon a un programme de bourses destinées au étudiants de Master dans les domaines d'étude suivants : sciences naturelles, lettres, sciences sociales. Leur montant s'élève à 1000 euros par mois et elles sont versées pendant 12 mois.
Les candidats doivent avoir moins de 26 ans et être de nationalité autre que française. Ils doivent avoir obtenu une Licence s'ils candidatent pour un Master 1, ou un Master 1 s'ils candidatent pour un Master 2.