Les ressortissants français qui souhaitent poursuivre leurs études au Collège de l'Europe peuvent être en mesure de recevoir une bourse du Ministère français des Affaires étrangères et européennes. Il s'agit d'une bourse d'études attribuée en fonction du rendement scolaire exceptionnel plutôt que des critères sociaux. Un total de 20 bourses sont offertes. Ces bourses couvrent totalement ou partiellement le coût d'une année d'études au Collège d'Europe (23 000 euros pour le campus de Bruges, et 21 000 euros pour le campus de Natolin).
Les étudiants doivent être titulaires d'un baccalauréat et doivent avoir terminé leur première année de maîtrise dans une discipline juridique, politique ou économique européenne. Tous les candidats doivent être âgés entre 18 et 35 ans au moment de la demande. La maîtrise de l'anglais est un élément essentiel. Les candidats doivent également être dégagés d'obligations militaires et ne doivent pas avoir reçu la bourse auparavant.